Ingénieur • rosny sous bois 93
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MISSIONS GÉNÉRALES :
-Assure sous la responsabilité du Directeur médical du DMU Biologie et du responsable de la plateforme GenoBioMICS, la réalisation des analyses bioinformatiques.
Assure l’évaluation, le déploiement et le maintien des logiciels d’analyses relatifs au séquençage à haut débit.
Assure le système qualité de la partie bioinformatique de la plateforme en lien avec les autres bioinformaticiens selon les exigences des normes relatives à l’accréditation des laboratoires (ISO 15189- ISO 17025)
MISSIONS PERMANENTES :
Lien avec l’équipe bioinfo sur le cgMLST pour la comparaison de souches bactériennes, notamment en collaboration avec l’Equipe Opérationnelle d’Hygiène
Développement et mise en production des analyses des facteurs de résistances et de virulence des souches d’Helicobacter pylori
Développement et mise en production des analyses de génotypage et caractérisation des souches de Mycobacterium tuberculosis
Développement et mise en production des analyses permettant la caractérisation des résistances (base de données CARD par exemple)
Développement de la comparaison de plasmides séquencés par technique «long-reads» (Oxford Nanopore), notamment en collaboration avec l’Equipe Opérationnelle d’Hygiène
Développement des progiciels et programmation nécessaires à l'exploitation des données biologiques et médicales, conformément aux recommandations des sociétés savantes, et aux procédures internes de la plateforme
Paramétrage des outils, logiciels, systèmes relevant de son domaine d'activité
- Assure le traitement et analyse des données de séquençage selon l’organisation prévue sur la plateforme
Veiller au maintien des outils bio-informatiques lors des pannes pouvant survenir.
Formation de personnes aux techniques et procédures de son domaine, et à leur application
Contribuer au fonctionnement de l’équipe Bioinformatique de la PF
MISSIONS SPÉCIFIQUES :
Encadre ou accompagne des étudiants sur ses thématiques
Participe à des congrès concernant son domaine d’activité
Evalue la faisabilité des projets avec l’équipe médicale et paramédicale
Participe aux études et aux travaux dans son domaine de recherche
Participe à la diffusion et valorisation des résultats (rapports, publications, communications)
Réécriture / optimisation de pipelines d’analyses avec mise en place de conteneurs et de tests unitaires, jeux de validation
Développement d’outils spécifiques en vue de l’amélioration de la compréhension de l’épidémiologie des bactéries (génotypage, résistance, virulence…) avec recherche bibliographique, évaluation d’outils publiés, mise en place d’approches originales
DIPLOME / FORMATION : Niveau Bac+5 (Master 2, Ecole d'ingénieur…) en bioinformatique.
EXPERIENCE CONSEILLEE : 2 à 3 ans d'expérience en analyse de données de séquençage à haut débit en milieu hospitalier.
DIPLOME / FORMATION : Niveau Bac+5 (Master 2, Ecole d'ingénieur…) en bioinformatique.
EXPERIENCE CONSEILLEE : 2 à 3 ans d'expérience en analyse de données de séquençage à haut débit en milieu hospitalier.
