Post Doctorat en génomique des populations : dynamique de l’invasion de la souris domestique en Afrique H/F

Génomes complets à faible couverture - Histoire démographique – associations génome/environnement

La structure que vous allez rejoindre

Vous serez affecté au Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (), à Montpellier. Le CBGP est composé de 86 agents permanents d'INRAE, de l'IRD, du Cirad et de l'Institut Agro Montpellier. Les recherches conduites au CBGP s’inscrivent dans le cadre des nombreuses menaces, amplifiées par un contexte de changement global, qui pèsent aujourd’hui sur la sécurité alimentaire, la biodiversité et la santé. Parmi elles, les arthropodes qui attaquent les cultures, les espèces exotiques envahissantes, les réservoirs de zoonoses et leurs vecteurs, font l’objet d’une attention croissante. Le CBGP aborde la question de la gestion des populations de ces espèces animales selon les principes de la systématique intégrative, de l’écologie et des sciences de l’évolution.

Au sein du CBGP, vous rejoindrez l’axe « Écologie et évolution des zoonoses », qui développe des recherches sur les maladies infectieuses ayant pour réservoir des animaux de la faune sauvage, en particulier des petits mammifères. Une partie de ces recherches vise à comprendre les causes éco-évolutives et les conséquences sanitaires des invasions biologiques impliquant des rongeurs exotiques. Au sein de cet axe, vous rejoindrez le collectif IRD impliqué dans le projet ANR « MICETRAL », dont un des objectifs est de décrire l’histoire d’invasion de la souris domestique en Afrique. Vous interagirez avec deux chercheurs, un ingénieur bio-informaticien, et un ingénieur en biologie moléculaire, ainsi qu’avec deux collaborateurs de .

Une mission attractive

Sous la responsabilité de Carine Brouat, chercheuse à l'IRD et spécialiste en biologie des invasions de rongeurs, vous développerez des analyses de génomique des populations pour comprendre l’histoire de l’invasion en Afrique d’une des pires espèces exotiques envahissantes du monde, la souris domestique (sous espèce Mus musculus domesticus). Vous chercherez à retracer l’histoire de son introduction, sa dynamique d’expansion en Afrique, et vous identifierez les régions du génome qui lui ont permis de s’adapter à de nouveaux environnements. Vous aurez à votre disposition environ 200 génomes complets séquencés à faible couverture de M. m. domesticus échantillonnées en Moyen Orient, en Europe, en Afrique du Nord et en Afrique de l’Ouest, que vous pourrez analyser avec la centaine de génomes déjà disponibles dans la littérature.

Dans ce cadre là, vos activités seront les suivantes :

• Réaliser l’analyse bioinformatique des nouvelles données de séquences (240 génomes complets).
• Récupérer les données de génomes complets à faibles couverture déjà publiées sur la souris domestique, et les associer aux nouvelles données.
• Mettre en œuvre des analyses de génomique des populations pour retracer l’histoire de l’invasion de la souris en Afrique, et sa dynamique démographique post-introduction.
• Mettre en œuvre des analyses de détection de sélection et d’association gène-environnement pour déterminer quelles régions du génome ont pu évoluer en réponses à différents gradients environnementaux.
• Formaliser et valoriser les résultats au travers de publications.
• Formaliser et valoriser les résultats au travers d’actions de communication scientifique orale (ex. réunions, conférences).
• Participer aux réunions mensuelles de l’axe « Ecologie et évolution des zoonoses », et contribuer à animer le groupe ‘Bioinformatique » du CBGP.

Votre future équipe

Vous intégrerez un collectif à taille humaine IRD / INRAE composé de 8 chercheurs, 2 ingénieurs d’étude spécialisés respectivement en biologie moléculaire et bioinformatique, et de 2 agents spécialisés en biologie moléculaire.

Le profil que nous recherchons

Vous avez développé les compétences suivantes :

• Excellentes connaissances en bio-informatique et des concepts de génomique des populations.
• Expérience des outils informatiques de traitement des données de séquençage, notamment haut débit.
• Maîtrise des outils de génomique des populations, notamment ceux adaptés à l’analyse des données de génomes complets à faible couverture pour retracer l’histoire démographique des populations.
• Maîtrise des outils de détection des signatures de sélection et d’associations génome / environnement.

Vous possédez les qualités suivantes :

• Vous savez faire preuve d’autonomie et de dynamisme.
• Vous savez vous adapter à des interlocuteurs ou interlocutrices de différents niveaux.
• Vous faites preuve d'un excellent sens relationnel.

Vous êtes titulaire d'un Doctorat en génétique des populations ou génomique évolutive et avez moins de 2 ans d’expérience dans ce domaine après la thèse.