Ingénieur de Recherche Bio-Informatique Virologie H/F

L'Institut Pasteur conduit des recherches biomédicales de pointe et avant-gardistes depuis plus de 130 ans.

Sur notre campus de 5 hectares en plein Paris (15è arrondissement), dans un environnement multiculturel et stimulant, 3000 personnes collaborent pour répondre aux ambitions de l'Institut Pasteur.

Le laboratoire de découverte de pathogènes a pour objectif principal de découvrir, caractériser et tester le rôle d' agents infectieux nouveaux ou inattendus dans des syndromes cliniques d'étiologie inconnue ou mal caractérisée, y compris de nouveaux agents zoonotiques.

Nous recrutons pour cette équipe un(e) Ingénieur(e) de recherche Bioinformatique. CDD de 18 mois. Salaire entre 40 et 45 000€ bruts annuels avec une première expérience confirmée ; adaptation si besoin.

MISSIONS

Vous interviendrez dans des projets de séquençage du virome ayant pour objectifs de caractériser de nouveaux pathogènes humains, ou de nouveaux virus à potentiel zoonotique, et à identifier les facteurs qui contribuent à augmenter le risque de saut d'espèce. Vous travaillerez en relations avec le personnel « wetlab » bien que vos activités se focaliseront principalement sur l'analyse de données avec l'emploi de pipelines existants, et le développement de nouvelles méthodes informatiques et statistiques adaptées au haut-débit. Les attentes seront adaptées au profil de la personne recrutée, avec évolution des activités associée à la montée en compétence.

A terme la personne recrutée aura pour objectifs à :

• Optimisation, mise au point, et veille bibliographique sur les méthodes de séquencage pour améliorer la détection de pathogènes.
• Veille bibliographique des outils informatiques d'analyse et évaluation de nouveaux outils et méthodes quand nécessaire
• Optimisation de pipelines de traitement de larges jeux de données de séquençage de virome qui seront régulièrement utilisés par le laboratoire. Cela comprend des données de métagenomique clinique (humain) et de métatranscriptomique d'espèces réservoirs ou vecteurs (chauves souris, tiques, moustiques, parasites)
• Participer à la mise au point et validation de nouveaux pipelines pour automatiser l'assemblage et l'annotation de génomes de virus nouvellement découverts.
• Réaliser ou participer à l'exploitation des données en appliquant les méthodes statistiques les plus appropriées.
• Supervision ou assistance des étudiants et post-doctorants en termes de séquençage et d'analyse de données de séquençage.
• Diffusion des bonnes pratiques en bioinformatique au sein du laboratoire
• Soutien à la collecte, la gestion et l'organisation des données au sein du laboratoire.
• Participer à la conception de projets

Le / la candidate-e idéal devra avoir :

• Connaissances en virologie / microbiologie.
• Une expérience avérée dans les nouvelles technologies de séquençage ou l'analyse de données de types « -omiques » à grande échelle
• Une expérience solide en programmation (scripting en langages Bash, R, voir Python)
• Des connaissances approfondies en statistiques descriptives et inférentielles (analyses uni-

multi-variées, modélisation linéaire, machine learning, méthodes non-supervisées, etc.), et génération de graphiques.

• Une double expérience en wetlab et drylab sera un plus
• Une maitrise des outils de développement de pipelines (snakemake, nextflow), de reproductibilité (conda, singularity) et de versionning (git / gitlab) sera un plus.
• Rigueur, sens de l'organisation et de la planification
• Aimer travailler en équipe et partager ses connaissances
• Pédagogie et patience pour former et encadrer des étudiants et nouveaux arrivants
• Curiosité et envie d'apprendre de nouveaux domaines (virologie, parasitologie, écologie, évolution, taxonomie)
• Anglais niveau B2 exigé

Vos conditions et environnement de travail :

• L'Institut Pasteur s'engage à offrir un environnement de travail inclusif et respectueux. Nous accueillons toutes les candidatures répondant aux critères du poste, en valorisant la diversité sous toutes ses formes et les parcours variés.
• Politique de congés et RTT très favorable (Forfait 204 jours)
• Forfait mobilité douce ou remboursement de 75% des titres de transport
• Cantine d'entreprise, restaurants, cafétérias
• Mutuelle familiale (gratuité conjoints / enfants) et service de santé pour les collaborateurs sur le campus
• Salles de sports, 30 activités culturelles / artistiques / sportives sur le campus
• Engagements RSE forts, et initiatives des collaborateurs encouragées
• Environnement multiculturel (plus de 75 nationalités sur le campus)