Bio-informaticien/Bio-informaticienne

L’Anses recrute

un Chargé de projet bio-informatique en nématologie / santé des végétaux (H/F) -

Poste basé Le Rheu (Ille-et-Vilaine) (35653)

- Contrat à durée déterminée de droit public jusqu'au 31/12/2027 -

Date de prise de fonctions : dès que possible

Conditions particulières :

Astreintes

Travail sous assurance qualité (ISO 17025 et ISO 17043)

Travail en laboratoire confiné

Déclaration Publique d’Intérêt

Travail en situation de crise

Vos missions

L’unité de nématologie du Laboratoire de la Santé des Végétaux (LSV) de l’Anses est Laboratoire National de Référence (LNR) pour les nématodes phytoparasites et détient également un mandat de Laboratoire de Référence de l’Union Européenne (LRUE) pour les nématodes parasites de plantes. Il détient ce mandat en partenariat avec le LNR belge de nématologie (ILVO). Parmi ses activités, le LRUE se concentre sur le développement, la validation et l’harmonisation des méthodes de détection et d’identification des nématodes phytoparasites réglementés, l’organisation des essais d’aptitude, de formations et apporte une assistance technique au réseau de 27 LNR européen. En outre, le LRUE apporte un soutien scientifique et technique à la Commission européenne et à d’autres organismes européens, tels que l’EFSA.

Sous l'autorité et la supervision du directeur et du directeur adjoint de l'EURL, vous contribuerez à la mise en œuvre des activités définies dans le programme de travail de l'EURL et assurerez la coordination et les activités de laboratoire liées à la bio-informatique et au diagnostic moléculaire. Vous réaliserez des recherches en génomique et techniques moléculaires sur les nématodes phytoparasites impliquant l’analyse de données de séquençage à haut débit, contribuerez aux projets d'assemblage de génomes et participerez au développement de marqueurs moléculaires pour la détection et la surveillance des nématodes, en appui aux missions de référence de l'EURL. En étroite collaboration avec le directeur et le directeur adjoint de l'EURL, vous favoriserez la mise en réseau et l'échange d'informations avec l'ensemble des laboratoires nationaux de référence de l'UE (EU-NRL).

Votre équipe

Le LSV est composé de six unités techniques. Si la direction du LSV est localisée à Angers, le poste proposé est basé au Rheu, près de Rennes (Ille-et-Vilaine), au sein de l'Unité de Nématologie. Vous intégrerez une équipe de 13 personnes, dont 2 travaillent à temps plein pour le mandat LRUE. L'Unité de Nématologie accueille régulièrement des étudiants de master et de doctorat. Les activités de recherche et les missions de l'Unité comprennent notamment le développement et la validation d'outils pour la détection et l'identification des nématodes phytoparasites, ainsi qu'une participation active à la surveillance biologique du territoire. L'unité fait également partie du pôle de recherche NemAlliance associant une équipe de nématologistes de l'INRAE.

Votre quotidien

Activité 1 : Développer des méthodes bio-informatiques et moléculaires pour la détection et l’identification des nématodes phytoparasites de quarantaine et émergents.

• Vérifier, qualifier et valider des séquences génomiques.
• Analyser les données de séquençage à haut débit (Illumina, Oxford Nanopore) pour identifier des régions génomiques utiles au diagnostic.
• Effectuer des assemblages de novo et guidés par des génomes de référence.
• Développer et valider de nouveaux marqueurs diagnostiques intra- et interspécifiques ainsi que des pipelines bio-informatiques pour la détection des nématodes phytoparasites réglementés.
• Gérer les données génomiques, maintenir les bases de données de séquences et assurer la reproductibilité des pipelines d’analyse.
• Concevoir des outils spécifiques par génomique comparative.
• Développer des séquences de référence pour l’identification par barcoding.
• Collaborer avec le service de biologie moléculaire du laboratoire pour optimiser et valider les tests de diagnostic moléculaire (PCR/qPCR, LAMP, RT-PCR) pour la détection des nématodes phytoparasites.
• Rédiger des rapports techniques, des modes opératoires normalisées, la partie moléculaire des protocoles de diagnostic du LRUE et contribuer à des publications scientifiques. •
• Poursuivre d'éventuels travaux sur les reconstructions phylogénétiques et l'étude de l'évolution de nématodes phytoparasites spécifiques, en réalisant des analyses phylodynamiques et phylogéographiques, notamment en lien avec d'éventuelles épidémies.

Activité 2 : Contribuer à la coordination et à l'organisation d'essais interlaboratoires ou d'évaluation des compétences utilisant des méthodes de référence sur les principaux nématodes phytoparasites réglementés.

Activité 3 : Organiser des sessions de formation et des ateliers à destination d'un public international.

Activité 4 : Réaliser une veille épidémiologique et bibliographique de tous les nématodes phytoparasites de quarantaine.

Activité 5 : Interpréter et diffuser les résultats scientifiques et techniques des activités du LRUE par le biais d’articles évalués par les pairs, de la participation à des conférences ou de tout autre moyen de communication. Toutes les activités mentionnées seront menées en collaboration et sous supervision du directeur et du directeur adjoint du LRUE.

Votre profil

Formation et expérience requises :

• Master ou doctorat en biologie moléculaire, bio-informatique ou domaine connexe (minimum bac+3)
• Une expérience préalable en phytopathologie est requise.
• Expérience du traitement des données de séquençage à haut débit.

Compétences :

• Maîtrise des outils de microbiologie/biologie moléculaire et des statistiques pour l'analyse des données.
• Maîtrise des outils bio-informatiques d'analyse de séquences (code-barres ADN, alignement, assemblage de génomes et phylogénie) et volonté de développer des compétences plus pointues en bio-informatique.
• Excellente maîtrise de l'anglais oral et de l’écrit ; niveau intermédiaire de français (forte motivation à apprendre).
• Capacité à rédiger des documents en anglais.
• La connaissance du développement et de la validation des techniques de diagnostic et d'identification des agents phytopathogènes (par exemple, séquençage, génomique, PCR, PCR en temps réel) est un plus.
• La connaissance du domaine de la nématologie et la sensibilisation aux démarches d'assurance qualité sont des atouts.
• Bonnes aptitudes relationnelles et esprit d'équipe ; capacité d'adaptation et réactivité.
• Sens de l'organisation, rigueur scientifique, dynamisme et proactivité.

Infos pratiques :

Le poste est basé au Rheu. Accessible en bus et à vélo depuis Rennes.

Pour postuler :

Contact opérationnel

Laurent FOLCHER, laurent.folcher@anses.fr (+33 (0)2 99 30 48 28)

Adresser au plus tard le 28/08/2026, lettre de motivation + CV en indiquant la référence 2026-037 à recrutement@anses.fr,

L’Anses recrute, accompagne et valorise les talents dans leur diversité pour s’engager au service de la santé publique.

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