Ingénieur de recherche en bioinformatique (M/F)

L'Institut Curie est un acteur majeur dans la recherche et la lutte contre le cancer. Il se compose d'un groupe hospitalier et d'un centre de recherche de plus de 1000 employés avec une forte représentativité internationale.

L'objectif du centre de recherche est de développer la recherche fondamentale et d'utiliser les connaissances produites pour améliorer le diagnostic, le pronostic et la thérapeutique des cancers dans le cadre du continuum entre la recherche fondamentale et l'innovation au service du patient.

L'équipe d'oncologie moléculaire est située sur le site Curie à Paris mais déménagera sur le site de Saint-Cloud Curie à partir de mi-2025 ou début 2026

Les travaux seront réalisés dans l'équipe d'oncologie moléculaire et porteront sur l’étude des tumeurs de vessie avec deux projets différents.

Une partie du travail sera réalisée sous la direction d'Isabelle Bernard-Pierrot. Les deux équipes ont une expertise complémentaire et ont obtenu un financement de l'INCA pour soutenir en partie cette position.

Bien que le candidat soit attaché à l'équipe d'oncologie moléculaire, il y aura des réunions fréquentes avec l'équipe d'Hélène Salmon.

La deuxième partie du travail sera supervisée par Yves Allory. L'équipe d'oncologie moléculaire possède une expertise dans l'analyse des données omiques appliquée à différents cancers, le cancer de la vessie étant l'expertise principale de l'équipe.

L'équipe possède également une solide expertise en biologie expérimentale axée sur le développement de modèles précliniques et sur la signalisation cellulaire dans le cancer de la vessie.

L'équipe d'Hélène Salmon possède une solide expertise dans l'analyse / caractérisation des cellules stromales, y compris les fibroblastes associés au cancer, et leur association à la résistance au traitement.

Les projets

L'objectif du premier projet est de caractériser les différentes populations de cellules tumorales présentes dans les TVIM, avec un intérêt particulier pour les tumeurs basales.

L'objectif sera d'identifier leurs voies de signalisation sous-jacentes et les facteurs de transcription clés contrôlant leur identité ainsi que les relations entre ces populations de cellules tumorales et avec les cellules non tumorales (existence de boucles paracrines) et leur contribution à la résistance au traitement.

Le / la candidat-e sera chargé-e d'analyser toutes les données omiques à grande échelle (bulk, cellule unique et spatiale) de la qualité du contrôle à la visualisation et à l'interprétation des données.

Le / la candidat-e intégrera également les différentes données omiques et les données cliniques pour mieux comprendre la résistance au traitement.

L'objectif principal du deuxième projet est d'identifier à partir de données de séquençage des exomes des signatures moléculaires d'exposition environnementale, y compris professionnelle.

Cancer de la vessie, tumeurs basales, réseau de régulation génique, séquençage ARN sur cellule unique, transcriptomique spatiale, criblage de type PERTURB-seq, résistance au traitement, microenvironnement, EGFR, chimiothérapie, séquençage d’exomes complet, épidémiologie moléculaire, exposition environnementale.

Formation et Compétences Requises

Formation : Doctorat ou diplôme d'ingénieur en bioinformatique. Des connaissances en cancérologie seront appréciées.

Compétences scientifiques : analyse de données omiques à grande échelle avec des outils bioinformatiques (R et Python), travail dans un environnement UNIX.

Compétences linguistiques : capacité à écrire et à communiquer en anglais.

Connaissances, Compétences et Capacités Souhaitables :

Expérience dans l'analyse des données de séquençage ARN (sur tissus entier et sur cellule unique) et des données de séquençage d’exome est requise.

Une expérience dans l'analyse des données transcriptomiques spatiales sera appréciée.

Une expérience dans l'analyse des réseaux de régulation génique sera appréciée.

Des connaissances en biologie du cancer seront appréciées.

Compétences

Rigueur scientifique

Excellentes capacités d'analyse et de synthèse

Bien organisé-e, capacité à travailler de manière indépendante tout en ayant un fort esprit d'équipe

Personnalité dynamique avec une passion pour l'innovation et la résolution de problèmes

Volonté de travailler dans un environnement multidisciplinaire

Capacité à communiquer

Toutes nos opportunités sont ouvertes aux personnes en situation de handicap

Type de contrat : COD.

Date de début : dès que possible

Durée : initialement 18 mois avec la possibilité de prolonger de 18 mois

Temps de travail : temps plein

Rémunération : selon les grilles de salaires définies par l’institut curie the Institut Curie et l’expérience du candidat.

Avantages : CSE, remboursement des frais de transport (abonnement) à hauteur de 70%, Mutuelle

Lieu de travail : Institut Curie Paris puis sur le site de Saint-Cloud (à partir de mi- 2025 ou début 2026)

Contact

Merci d’envoyer vos CV et lettre de motivation

Des lettres de recommandation ou des références à contacter peuvent être demandées au cours du processus de sélection

Date de publication : 6 mai 2024

Fin d’application : fin juin 2024

L'Institut Curie est un employeur inclusif respectant l'égalité des chances.

Il s’engage également à appliquer des normes exigeantes en matière d'intégrité de la recherche