Ingénieur Bio-informaticien(ne) H/F

À propos de nous

Le CHU de Nîmes , 1er employeur du Gard, s’inscrit dans une démarche de développement, soutenue par l’innovation médicale, médico-scientifique, architecturale, soignante et organisationnelle.

Le CHU de Nîmes, ce sont de beaux projets d’infrastructures qui ont vu le jour comme l’ouverture du Centre Ambulatoire Carémeau Sud (CACS) et du Bâtiment dédié aux Neurosciences.

Le CHU de Nîmes en 2024 représente 2000 lits, 7300 hommes et femmes qui œuvrent chaque jour (dont 1300 médecins) et 300 métiers différents.

Afin de nous accompagner dans l’excellence de soins, de recherche, d’enseignement et d’innovation, nous sommes en recherche de personnel pour intégrer nos équipes.

Rejoignez-nous et construisons ensemble l’Hôpital de demain !

Mission

CDD d'un an

Le laboratoire de Biochimie et Biologie Moléculaire du CHU de Nîmes comporte trois secteurs fonctionnels :

Biochimie générale et spécialisée, hormonologie

Pharmacologie-Toxicologie générale et spécialisée

Génétique moléculaire (neurogénétique, maladies métaboliques, oncogénétique somatique, pharmacogénétique)

L 'activité du service en 2023 était de 3,5 millions d'actes, avec une production de 40 millions de B et de 10 millions de BHN / RIHN.

L' équipe médicale est constituée d’un PU-PH et 2 MCU-PH de Biochimie et Biologie Moléculaire, d'un PU-PH et d’un MCU-PH de Pharmacocinétique, de cinq Praticiens Hospitaliers.

L' équipe technique et administrative est constituée d’un cadre de santé, 2 ingénieures, 28 techniciens, 2 secrétaires médicales, 2 agents administratifs

Notre laboratoire est labellisé Laboratoire de Biologie Médicale de Référence (LBMR) pour l’oncogénétique somatique, pour la génétique de la Sclérose Latérale Amyotrophique et pour la génétique des Troubles du Spectre Autistique.

Il est accrédité ISO 15189.

Certains biologistes participent aux interprétations des génomes sur la plateforme Auragen.

En tant qu'Ingénieur(e) bio-informaticien(ne), votre mission principale sera d'apporter votre expertise au diagnostic moléculaire des gènes impliqués dans les maladies génétiques étudiées au laboratoire : aide à la définition des séquences de référence, à l’évaluation de l’effet pathogène des variants, conception, développement, mise en place, mise à disposition, utilisation des outils informatiques et bio-informatiques adaptés aux diverses problématiques.

Vous serez impliqué(e) dans la définition de la politique informatique / bio-informatique du laboratoire et serez responsable de celle-ci au sein du groupe.

L’ingénieur est administrateur / curateur d’un jeu international de bases de données mutationnelles dédié aux gènes d’intérêt du groupe.

Vous effectuerez les choix stratégiques qui en découlent, en bonne entente avec le responsable de groupe, et vous serez responsable de l’alimentation et du bon fonctionnement, ainsi que de la promotion de ce jeu.

Toujours en bonne entente avec le responsable du groupe, vous participerez à la définition et à l’écriture des différents projets ou demandes de financements en rapport avec votre activité ou celle du groupe.

Vous participerez aussi à la restitution de ces projets, sous la forme d’articles scientifiques auxquels vous apporterez votre contribution, mais aussi de posters ou présentations orales.

Toutes ces activités peuvent être réalisées en anglais.

Les activités principales du poste :

1 - Rôle principal :

L’activité de l’ingénieur hospitalier bio-informaticien sera centrée sur le secteur de génétique moléculaire constitutionnelle, dans le cadre du diagnostic de la Sclérose Latérale Amyotrophique :

soutenir les biologistes dans leur démarche diagnostique, en recherchant et proposant des outils informatiques avancés pour l'analyse des données biologiques (panel, exome et génome complet).

développer des pipelines d'analyse bio-informatique afin de traiter les données de séquençage d’exome et de RNA-Seq, fournir des analyses statistiques, mettre en place des outils d’aide à la visualisation des résultats, définir et suivre des indicateurs de performance

assurer la cohérence et la qualité des résultats

participer à la rédaction de protocoles et de procédures liés aux analyses bio-informatiques

participer à la démarche qualité du laboratoire et notamment aux contrôles de qualité EMQN pour l’activité NGS

participer à la gestion des bases de données

2 - Rôle transversal, au sein du plateau commun de biologie moléculaire

L’ingénieur hospitalier bio-informaticien devra faire le lien entre la DSIH (Direction des Systèmes d’Information Hospitaliers) et le plateau commun de biologie moléculaire :

participer à la sauvegarde et à l’archivage des données informatiques

veiller à ce que les données de génétique soient stockées conformément aux normes de confidentialité

coordonner les projets bio-informatiques polaires

collaborer avec l’ensemble des laboratoires utilisateurs du plateau commun de biologie moléculaire pour assurer le bon fonctionnement des outils et des infrastructures nécessaires aux analyses bio-informatiques

Vos conditions particulières d'exercice :

Temps cadre

Disponibilité : adapter son temps de travail à la demande

Déplacements pour participer à des congrès, conférences, rencontres et formations

Vos avantages :

Parcours d’intégration, de formation, d’accompagnement professionnel au travers de la mutation et de la promotion professionnelle

Idéalement situé à proximité de commerces

28 CA + RTT (possibilité de dépôt sur un CET)

2 crèches sur le site de Nîmes

Inscription possible au Comité de Gestion des Œuvres Sociales (CGOS, opérateur gérant l'action sociale en faveur des personnels hospitaliers)

Points de restauration sur le site de Caremeau : restaurant du personnel, cafétéria (pour les usagers et agents) et distributeurs de repas en barquettes

Parcours de santé sur le site de Nîmes

Accessibilité : à 5 min de l’autoroute, 40 min des plages et des montagnes cévenoles, 30 min de Montpellier.

Desservi par les bus, le trambus T2, application de covoiturage du CHU

Profil

Votre profil :

Vous détenez un diplôme de niveau BAC +5 dans un domaine scientifique

Vous détenez une formation en bio-informatique

Vous avez une première expérience en analyse de données NGS

Idéalement, vous avez une expérience dans un autre laboratoire.

Vos compétences :

Vous êtes capable d'interagir dans une environnement pluridisciplinaire : qualités relationnelles, d’écoute et de communication requises

Vous faites preuve d'une grande autonomie et êtes doté(e) d'une bonne capacité organisationnelle

Vous avez le sens du service

Vous êtes rigoureux(euse), faites preuve d'adaptabilité mais aussi de curiosité intellectuelle

Vous êtes dynamique et force de proposition