Ingénieur-e biologiste en traitement de données H/F

Informations générales

Ouverte aux titulaires et CDI CNRS & fonction publique

Intitulé de l'offre : Ingénieur-e biologiste en traitement de données H / F

Référence : UPR3212-MOBINT-Z53015

Lieu de travail : STRASBOURG

Institut : INSB - Institut des sciences biologiques

Date de publication : vendredi 3 mai 2024

Session : Campagne Printemps 2024

Groupe de Fonction : IEG2

BAP : Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement

Emploi type : Ingénieur-e biologiste en traitement de données

Missions

L'ingénieur-e sera chargé-e d'organiser la collecte et de réaliser la gestion et l'analyse de données

omics (notamment transcriptomiques, épigénomiques et protéomiques) pour les équipes de 2

laboratoires de neurosciences strasbourgeois : l'Institut des Neurosciences Cellulaires et

Intégratives (INCI) et le Laboratoire de Neurosciences Cognitives et Adaptatives (LNCA).

Il / elle travaillera en interaction avec les biologistes de ces laboratoires et les informaticiens des

plateformes haut-débit générant les données (Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et

Cellulaire - IGBMC, Institut de Biologie Moléculaire des Plantes - IBMP, .

Activités

• Mettre en place et optimiser les procédures de recueil et de contrôle des données,
• Réaliser l'analyse des données issues de l'INCI et du LNCA en mettant en place les outils d'analyses

et les outils statistiques adéquats,

Interagir avec les neurobiologistes de l'INCI et du LNCA pour optimiser les schémas expérimentaux et

aider à l'interprétation des données,

Développer de nouveaux outils d'analyse adaptés aux questions scientifiques soulevées par les

données (. développement de nouveaux pipelines pour intégrer différents types de données omics), en

interaction notamment avec les personnels des plateformes locales (IGBMC, IBMP),

Organiser la mise en forme, le stockage et la maintenance des données issues de l'INCI et du LNCA,

en collaboration avec les plateformes et structures (DataCenter) locales,

• Diffuser et valoriser des résultats sous forme de rapports techniques ou d'études,
• Gérer et maintenir des outils informatiques partagés,
• Conseiller les utilisateurs, voire former les membres de l'INCI et du LNCA à certains outils,
• Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité, notamment en

participant à des réseaux professionnels.

Compétences

Connaissances :

• Connaissances approfondies en bioinformatique et biostatistiques,
• Connaissances approfondies dans le recueil, l'analyse statistique et le traitement des données,
• Connaissances générales en biologie moléculaire et génomique et connaissance des principales

banques de données biologiques,

• Connaissances des bonnes pratiques pour la gestion des données de la recherche,
• Langue anglaise : B1 à B2 selon le cadre européen commun de référence pour les langues.

Savoir-faire :

• Maîtriser l'environnement unix (Shell) et au moins un langage de programmation (R de préférence),
• Analyser des données haut-débit, issues notamment de séquençage de nouvelle génération ( Next-

Generation Sequencing ),

• Interagir avec des neurobiologistes et des bioinformaticiens,
• Garantir la qualité et la pertinence des outils d'analyse et des résultats,
• Transmettre des connaissances.

Savoir être :

• Esprit d'équipe,
• Sens de l'organisation,
• Rigueur, fiabilité,
• Autonomie.

Contexte de travail

L'environnement de travail est celui du site de l'Esplanade de l'Université de Strasbourg, en

centre-ville, accessible en transports en commun et disposant d'une possibilité de restauration.

L'unité d'affection (l'INCI) se situe dans un bâtiment CNRS du campus et la seconde unité est à 7

min à pied dans des locaux historiques avec jardins attenants. L'activité se répartira à raison de

50% du temps de travail passé dans chacun des 2 laboratoires d'accueil (INCI, LNCA) en fonction des

projets. Ces 2 laboratoires de neurosciences fusionneront au prochain contrat quinquennal.

Sur le plan administratif, le poste est rattaché à l'INCI. L'ingénieur-e mènera ses activités au

sein d'un plateau de biologie moléculaire et bioinformatique en mutualisation entre les 2 unités, et

sera sous la responsabilité hiérarchique d'un des responsables du plateau.

Le besoin est lié à l'évolution forte des études de génomique fonctionnelle en neurosciences,

faisant aujourd'hui appel aux techniques omics (analyses transcriptomiques, épigénomiques et

protéomiques). Les équipes de l'Institut des Neurosciences Cellulaires et Intégratives mènent des

recherches sur la douleur (traitements et comorbidités psychiatriques), les troubles

neuropsychiatriques (addictions, dépression), la communication au sein des systèmes nerveux et sur

les rythmes biologiques journaliers et saisonniers. Le laboratoire de Neurosciences Cognitives et

Adaptatives étudie plus particulièrement les processus cognitifs et mnésiques, le vieillissement et

les maladies neurodégénératives